Svobodová Vařeková, Radka: шукати на сайті Z-Library

Пожертвування 15 вересня 2024 – 1 жовтня 2024 Про збір коштів

Найбільша колекція наукових статей у сіті. 70,000,000+ безкоштовних статей.

Пожертвування 15 вересня 2024 – 1 жовтня 2024

Z-Library - одна з найбільших онлайн-бібліотек у світі, в якій зберігається більше 17,000,000 книг та 84,837,000 статей. Ми намагаємось зробити літературу доступною кожному. Сьогодні (15 вересня 2024) ми відкриваємо додатковий збір пожертвувань на підтримку та розвиток проекту.

Також БЕЗЛІМТНІ завантаження (протягом 31 дня після завершення пожертвування) доступні для ВСІХ користувачів, які підтримають проект в період збору коштів до 1 жовтня 2024.

Про збір коштів Детальніше

Підтримати

Книги
Статті (35)
Найпопулярніші
Перелік
- Перелік
- Таблиця

1

Software news and updates electronegativity equalization method: Parameterization and validation for organic molecules using the Merz-Kollman-Singh charge distribution scheme

Zuzana Jiroušková, Radka Svobodová Vařeková, Jakub Vaněk, Jaroslav Koča

Журнал:

Journal of Computational Chemistry

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 79 KB

english, 2009

2

[IEEE 2018 IEEE 14th International Conference on e-Science (e-Science) - Amsterdam (2018.10.29-2018.11.1)] 2018 IEEE 14th International Conference on e-Science (e-Science) - Lesson Development for Open Source Software Best Practices Adoption

Kuzak, Mateusz, Harrow, Jen, Jimenez, Rafael C., Martinez, Paula Andrea, Psomopoulos, Fotis E., Svobodova Varekova, Radka, Via, Allegra

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 6 KB

english, 2018

3

[SpringerBriefs in Biochemistry and Molecular Biology] Structural Bioinformatics Tools for Drug Design ||

Koča, Jaroslav, Svobodová Vařeková, Radka, Pravda, Lukáš, Berka, Karel, Geidl, Stanislav, Sehnal, David, Otyepka, Michal

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 6.72 MB

english, 2016

4

Real-Time Interactive Visualisation of Large Macromolecular Assemblies and Molecular Machines at Atomic Resolution

Sehnal, David, Deshpande, Mandar, Svobodova Varekova, Radka, Mir, Saquib, Berka, Karel, Midlik, Adam, Pravda, Lukas, Velankar, Sameer, Koca, Jaroslav

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 47 KB

english, 2017

5

Worldwide Protein Data Bank validation information: usage and trends

Smart, Oliver S., Horský, Vladimír, Gore, Swanand, Svobodová Vařeková, Radka, Bendová, Veronika, Kleywegt, Gerard J., Velankar, Sameer

Журнал:

Acta Crystallographica Section D Structural Biology

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.01 MB

english, 2018

6

Interactive 3D Macromolecular Structure Data Mining with MolQL and Litemol Suite

Sehnal, David, Deshpande, Mandar, Rose, Alexander, Pravda, Lukas, Midlik, Adam, Svobodová Vařeková, Radka, Mir, Saqib, Berka, Karel, Velankar, Sameer, Koca, Jaroslav

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 44 KB

english, 2018

7

www.rnaworkbench.com: A new program for analyzing RNA interference

Radka Svobodová Vařeková, Ivan Bradáč, Martin Plchút, Michal Škrdla, Michael Wacenovsky, Helmuth Mahr, Georg Mayer, Herbert Tanner, Hermann Brugger, Josef Withalm, Peter Lederer, Heinrich Huber, Gerha

Журнал:

Computer Methods and Programs in Biomedicine

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 516 KB

english, 2008

8

QSPR designer – employ your own descriptors in the automated QSAR modeling process

Ondřej Skřehota, Radka Svobodová Vařeková, Stanislav Geidl, Michal Kudera, David Sehnal, Crina-Maria Ionescu, Jan Žídek, Jaroslav Koča

Журнал:

Journal of Cheminformatics

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 74 KB

english, 2012

9

Searching for tunnels of proteins – comparison of approaches and available software tools

Deepti Jaiswal, Radka Svobodová Vařeková, Crina-Maria Ionescu, David Sehnal, Jaroslav Koča

Журнал:

Journal of Cheminformatics

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 72 KB

english, 2012

10

SiteBinder – an improved approach for comparing multiple protein structural motifs. Case studies on biologically important motifs

David Sehnal, Radka Svobodová Vařeková, Heinrich J Huber, Stanislav Geidl, Crina-Maria Ionescu, Michaela Wimmerová, Jaroslav Koča

Журнал:

Journal of Cheminformatics

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 75 KB

english, 2012

11

How the methodology of 3D structure preparation influences the quality of QSPR models?

Stanislav Geidl, Roman Beránek, Radka Svobodová Vařeková, Tomáš Bouchal, Miroslav Brumovský, Michal Kudera, Ondřej Skřehota, Jaroslav Koča

Журнал:

Journal of Cheminformatics

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 72 KB

english, 2012

12

siRNA selection criteria—Statistical analyses of applicability and significance

Ivan Bradáč, Radka Svobodová Vařeková, Michael Wacenovsky, Michal Škrdla, Martin Plchút, Martin Polčík

Журнал:

Biochemical and Biophysical Research Communications

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 269 KB

english, 2007

13

MOLE 2.0: advanced approach for analysis of biomacromolecular channels

Sehnal, David, Svobodová Vařeková, Radka, Berka, Karel, Pravda, Lukáš, Navrátilová, Veronika, Banáš, Pavel, Ionescu, Crina-Maria, Otyepka, Michal, Koča, Jaroslav

Журнал:

Journal of Cheminformatics

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.45 MB

english, 2013

14

SiteBinder: An Improved Approach for Comparing Multiple Protein Structural Motifs

Sehnal, David, Vařeková, Radka Svobodová, Huber, Heinrich J., Geidl, Stanislav, Ionescu, Crina-Maria, Wimmerová, Michaela, Koča, Jaroslav

Журнал:

Journal of Chemical Information and Modeling

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 5.57 MB

english, 2012

15

Rapid Calculation of Accurate Atomic Charges for Proteins via the Electronegativity Equalization Method

Ionescu, Crina-Maria, Geidl, Stanislav, Svobodová Vařeková, Radka, Koča, Jaroslav

Журнал:

Journal of Chemical Information and Modeling

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 579 KB

english, 2013

16

Identification of Potential Small Molecule Peptidomimetics Similar to Motifs in Proteins

Baran, Ivan, Varekova, Radka Svobodova, Parthasarathi, Laavanya, Suchomel, Simon, Casey, Fergal, Shields, Denis C.

Журнал:

Journal of Chemical Information and Modeling

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 492 KB

english, 2007

17

Web Server To Identify Similarity of Amino Acid Motifs to Compounds (SAAMCO)

Casey, Fergal P., Davey, Norman E., Baran, Ivan, Varekova, Radka Svobodova, Shields, Denis C.

Журнал:

Journal of Chemical Information and Modeling

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.15 MB

english, 2008

18

Anatomy of enzyme channels

Pravda, Lukáš, Berka, Karel, Svobodová Vařeková, Radka, Sehnal, David, Banáš, Pavel, Laskowski, Roman A, Koča, Jaroslav, Otyepka, Michal

Журнал:

BMC Bioinformatics

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 891 KB

english, 2014

19

How Does the Methodology of 3D Structure Preparation Influence the Quality of p K a Prediction?

Geidl, Stanislav, Svobodová Vařeková, Radka, Bendová, Veronika, Petrusek, Lukáš, Ionescu, Crina-Maria, Jurka, Zdeněk, Abagyan, Ruben, Koča, Jaroslav

Журнал:

Journal of Chemical Information and Modeling

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 530 KB

english, 2015

20

Charge Profile Analysis Reveals That Activation of Pro-apoptotic Regulators Bax and Bak Relies on Charge Transfer Mediated Allosteric Regulation

Ionescu, Crina-Maria, Svobodová Vařeková, Radka, Prehn, Jochen H. M., Huber, Heinrich J., Koča, Jaroslav, Briggs, James M.

Журнал:

PLoS Computational Biology

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 757 KB

english, 2012

21

AtomicChargeCalculator: interactive web-based calculation of atomic charges in large biomolecular complexes and drug-like molecules

Ionescu, Crina-Maria, Sehnal, David, Falginella, Francesco L., Pant, Purbaj, Pravda, Lukáš, Bouchal, Tomáš, Svobodová Vařeková, Radka, Geidl, Stanislav, Koča, Jaroslav

Журнал:

Journal of Cheminformatics

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.67 MB

english, 2015

22

High-quality and universal empirical atomic charges for chemoinformatics applications

Geidl, Stanislav, Bouchal, Tomáš, Raček, Tomáš, Svobodová Vařeková, Radka, Hejret, Václav, Křenek, Aleš, Abagyan, Ruben, Koča, Jaroslav

Журнал:

Journal of Cheminformatics

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.32 MB

english, 2015

23

PatternQuery: web application for fast detection of biomacromolecular structural patterns in the entire Protein Data Bank

Sehnal, David, Pravda, Lukáš, Svobodová Vařeková, Radka, Ionescu, Crina-Maria, Koča, Jaroslav

Журнал:

Nucleic Acids Research

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.09 MB

english, 2015

24

NEEMP: software for validation, accurate calculation and fast parameterization of EEM charges

Raček, Tomáš, Pazúriková, Jana, Svobodová Vařeková, Radka, Geidl, Stanislav, Křenek, Aleš, Falginella, Francesco Luca, Horský, Vladimír, Hejret, Václav, Koča, Jaroslav

Журнал:

Journal of Cheminformatics

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.95 MB

english, 2016

25

[SpringerBriefs in Biochemistry and Molecular Biology] Structural Bioinformatics Tools for Drug Design || Detection of Channels

Koča, Jaroslav, Svobodová Vařeková, Radka, Pravda, Lukáš, Berka, Karel, Geidl, Stanislav, Sehnal, David, Otyepka, Michal

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 603 KB

english, 2016

26

[SpringerBriefs in Biochemistry and Molecular Biology] Structural Bioinformatics Tools for Drug Design || Biomacromolecular Fragments and Patterns

Koča, Jaroslav, Svobodová Vařeková, Radka, Pravda, Lukáš, Berka, Karel, Geidl, Stanislav, Sehnal, David, Otyepka, Michal

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 377 KB

english, 2016

27

Mole 2.5 - Tool for Detection and Analysis of Macromolecular Pores and Channels

Berka, Karel, Sehnal, David, Bazgier, Vaclav, Pravda, Lukas, Svobodova-Varekova, Radka, Otyepka, Michal, Koca, Jaroslav

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 61 KB

english, 2017

28

Quo Vadis, Biomacromolecular Structure Quality

Svobodova Varekova, Radka, Horsky, Vladimir, Sehnal, David, Bendova, Veronika, Pravda, Lukas, Koca, Jaroslav

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 59 KB

english, 2017

29

Effective on-Demand Mining of Structural Databases

Pravda, Lukas, Sehnal, David, Svobodova Varekova, Radka, Koca, Jaroslav

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 41 KB

english, 2017

30

LiteMol suite: interactive web-based visualization of large-scale macromolecular structure data

Sehnal, David, Deshpande, Mandar, Vařeková, Radka Svobodová, Mir, Saqib, Berka, Karel, Midlik, Adam, Pravda, Lukáš, Velankar, Sameer, Koča, Jaroslav

Журнал:

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 363 KB

english, 2017

31

ChannelsDB: database of biomacromolecular tunnels and pores

Pravda, Lukáš, Sehnal, David, Svobodová Vařeková, Radka, Navrátilová, Veronika, Toušek, Dominik, Berka, Karel, Otyepka, Michal, Koča, Jaroslav

Журнал:

Nucleic Acids Research

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.37 MB

english, 2018

32

Molecular Evolution and Diversification of SMAX-Like Gene Family

Ramji Moturu, Taraka, Kumar Thula, Sravan, Kumar Singh, Ravi, Nodzyński, Tomasz, Svobodová Vařeková, Radka, Friml, Jiří, Simon, Sibu

Журнал:

Journal of Experimental Botany

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.93 MB

english, 2018

33

MOLEonline: a web-based tool for analyzing channels, tunnels and pores (2018 update)

Pravda, Lukáš, Sehnal, David, Toušek, Dominik, Navrátilová, Veronika, Bazgier, Václav, Berka, Karel, Svobodová Vařeková, Radka, Koča, Jaroslav, Otyepka, Michal

Журнал:

Nucleic Acids Research

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.59 MB

english, 2018

34

Validation of ligands in macromolecular structures determined by X-ray crystallography

Smart, Oliver S., Horský, Vladimír, Gore, Swanand, Svobodová Vařeková, Radka, Bendová, Veronika, Kleywegt, Gerard J., Velankar, Sameer

Журнал:

Acta Crystallographica Section D Structural Biology

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.16 MB

english, 2018

35

Channelsdb and Moleonline - Database and Tool for Analysis of Biomacromolecular Tunnels and Pores

Pravda, Lukáš, Sehnal, David, Berka, Karel, Navrátilová, Veronika, Toušěk, Dominik, Bazgier, Václav, Svobodová Vařeková, Radka, Otyepka, Michal, Koča, Jaroslav

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 65 KB

english, 2018